Pagrindiniai atradimai

ENCODE konsorciumo atlikti tyrimai parodė, kad didelė dalis žmogaus genomo yra transkribuojama į RNR, nors tik nedidelė dalis šių transkriptų koduoja baltymus. Šis atradimas parodė, kad transkripcija yra kur kas plačiau paplitusi nei anksčiau manyta. Buvo identifikuota tūkstančiai reguliuojančių regionų, įskaitant promotorius, stipriklius, slopintuvus ir izoliatorius. Šie elementai daro įtaką genų ekspresijos laikui ir vietai ir dažnai veikia pagal ląstelių tipą (Gerstein et al., 2012; Kundaje et al., 2012).

ENCODE projektas taip pat pabrėžė chromatino struktūros svarbą genų reguliacijoje. Chromatino organizacija, kurią formuoja histonų modifikacijos ir DNR prieinamumas, lemia, ar reguliuojantys elementai ir genai gali sąveikauti. Chromatino būklės pokyčiai gali aktyvuoti arba slopinti genų ekspresiją, leidžiant ląstelėms reaguoti į vystymosi signalus ir aplinkos signalus.

Kitas svarbus ENCODE projekto atradimas susijęs su nekoduojančiais RNR. Tyrėjai identifikavo tūkstančius ilgų nekoduojančių RNR, kurie, atrodo, turi reguliavimo funkcijas. Šie RNR dažnai ekspresuojami specifiniuose audiniuose ir vystymosi etapuose ir gali daryti įtaką transkripcijai, chromatino pertvarkymui ir RNR apdorojimui (Djebali et al., 2012).

Be to, ENCODE tyrimai parodė, kad daugelis genetinės variacijos, susijusios su žmogaus ligomis, yra ne baltymų koduojančiuose genuose, o nekoduojančiose reguliavimo srityse. Integruodami ENCODE duomenis su genomo masto asociacijos tyrimais (GWAS), mokslininkai sugebėjo funkcionaliai anotuoti daugelį su ligomis susijusių variacijų. Šis atradimas žymiai pagerino supratimą apie tai, kaip genų reguliacijos pokyčiai prisideda prie ligų rizikos (Schaub et al., 2012; Boyle et al., 2012).