Pärast põhiteadmiste omandamist ja praktiliste simulatsioonide läbimist julgustatakse õpilasi mõtlema suurelt. Liitreaalsus muutub tööriistaks küsimuste uurimiseks, nagu näiteks „mis oleks, kui...“. Mis oleks, kui tüvirakud ei integreeruks korralikult? Mis oleks, kui nad moodustaksid terve koe asemel kasvajaid? Mis oleks, kui ühel päeval suudaksid nad rekonstrueerida terveid organeid?

Selles etapis kasutavad õpilased liitreaalsust keerukamate stsenaariumide simuleerimiseks, näiteks neuroloogiliste haiguste ravimeetodite kavandamiseks või selle testimiseks, kuidas indutseeritud pluripotentsed tüvirakud (iPSC-d) võiksid asendada embrüonaalseid tüvirakke, et vältida eetilisi vaidlusi. Samuti uuritakse bioinspiratsiooni: loomad nagu salamandrid suudavad kasvatada terveid jäsemeid tagasi – kas tüvirakuteadus võiks ühel päeval aidata inimestel saavutada midagi sarnast?

Õppimine on ka mängustatud, et hoida õpilasi motiveerituna. Nad teenivad punkte ja märke edukalt sooritatud missioonide eest, tõusevad edetabelites loova probleemilahenduse eest ning avavad uusi missioone ja tasemeid, kui ravivad keerulisemaid „virtuaalhaigeid“. Koostööülesanded soodustavad meeskonnatööd: rühmad võivad saada ülesandeks päästa digitaalne patsient mitme organi kahjustusega, mis nõuab teadmiste ja strateegiate ühendamist.

Hindamine on integreeritud liitreaalsuse tegevustesse. Pabertesti asemel näitavad õpilased, mida nad on õppinud, parandades kudesid, selgitades oma samme ja mõtiskledes tulemuste üle. Õpetajad kasutavad hindamiseks liitreaalsuse logisid, rühmapresentatsioone ja päevikuid, et hinnata mitte ainult teadmisi, vaid ka oskusi, loovust ja eetilist mõtlemist.